悪玉菌優位な腸内は、免疫反応が過剰になりやすいので、アレルギ体質に陥りやすくアトピー性皮膚炎も引き起こす可能性があると言えます。したがってアトピー・アレルギーの改善及び発症予防、花粉症対策、免疫力強化などの効果も考えられます。サプリメントの安全性として、HIV感染症や臓器移植によって免疫力が衰えている場合、乳酸菌サプリメントによって乳酸菌が増えすぎて別の病気を併発させる可能性があります。安全のため、免疫低下がみられる場合はサプリメントでの摂取は避けてください。また、一般に販売されているサプリメント製品の品質にはばらつきがあり、表示通りに乳酸菌が含有されていないものや、病気を発症させるような細菌が混入していたというケースもあるようで、注意が必要と言えます。抗生物質・免疫機能を抑える薬を服用している方は乳酸菌サプリメントとの飲み合わせに注意してください。